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46-1 Modélisation des réseaux biologiques

ECUE's code : SMESV461

This course belong to UE46 Biologie Systémique (6 ECTS) which contains 2 ECUE
EUR LIFE
Informatique , Biologie cellulaire , Biologie des populations et écologie
Campus Valrose
Master 1 , Master 2
Semestre impair
Anglais

PRESENTATION

Objectifs : Acquérir les outils mathématiques pour la modélisation et l’analyse dynamique des réseaux biologiques (p.ex. réseaux génétiques, métaboliques, ou voies de signalisation…)

Programme: Les thèmes abordés sont les suivants :
1. Que peut apporter la modélisation mathématique en biologie ?

2. Comment modéliser un ensemble de réactions biochimiques ?
a. Fondements de la cinétique chimique et fonction enzymatique.

b. Etats stationnaires et quasi-stationnaires (Michaelis-Menten) Inhibition compétitive et non compétitive
c. Equilibres multiples et coopérativité
d. Modélisation par compartiments. Transport et diffusion

3. Analyse des modèles dans le cadre des « systèmes dynamiques »
a. Analyse de stabilité
b. Analyse de bifurcation
c. Analyse de sensibilité
d. Ajustement des paramètres d’un modèle

4. Dynamiques de réseaux biologiques
a. Régulation génétique
b. Transduction du signal
c. Réseaux métaboliques
 

 

Course's manager(s)

Madalena Chaves

In class

  • 14h of lectures
  • 14h of directed studies

PREREQUISITES

Before the start of the course, I must ...
  • équations différentielles ordinaires, algèbre linéaire, calcul scientifique.

OBJECTIVES

By the end of this course, I should be able to...
  • modéliser grâce aux outils mathématiques
  • analyser des réseaux biologiques grâce aux outils mathématiques (p.ex. réseaux génétiques, métaboliques, ou voies de signalisation…)

CONTENT

  • No description

  • 2. Comment modéliser un ensemble de réactions biochimiques ?

    a. Fondements de la cinétique chimique et fonction enzymatique.
    b. Etats stationnaires et quasi-stationnaires (Michaelis-Menten) Inhibition compétitive et non compétitive
    c. Equilibres multiples et coopérativité
    d. Modélisation par compartiments. Transport et diffusion

  • 3. Analyse des modèles dans le cadre des « systèmes dynamiques »

    a. Analyse de stabilité
    b. Analyse de bifurcation
    c. Analyse de sensibilité
    d. Ajustement des paramètres d’un modèle

  • 4. Dynamiques de réseaux biologiques

    a. Régulation génétique
    b. Transduction du signal
    c. Réseaux métaboliques

  • Modalités du contrôle des connaissances :
    Contrôle intermédiaire écrit (30%) et un contrôle final écrit (70%).

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