46-2 Méthodes formelles pour la modélisation discrète

ECUE's code : SMESV462

This course belong to UE46 Biologie Systémique (6 ECTS) which contains 2 ECUE

Structure

EUR LIFE

Disciplinary domain

Informatique , Biologie cellulaire , Biologie des populations et écologie

Campus

Campus Valrose

Course's level

Master 1 , Master 2

Semester

Semestre impair

Language

Anglais

PRESENTATION

Objectifs : Ce cours donne aux étudiants la capacité de concevoir des modèles discrets bien adaptés à la question biologique abordée et d’appliquer des méthodes formelles pour les analyser (logique formelle). Il permet d'avoir une vision critique des causalités supposées des phénotypes observés, d'affiner les approches de modélisation en fonction des capacités d'observation expérimentale disponibles, et enfin de proposer des modèles prédictifs suggérant des stratégies expérimentales pour valider des hypothèses biologiques.
Contenu :
- Introduction à la théorie de René Thomas, formalisme avec multiplexes, exemples (3h)
- Compatibilité de la modélisation discrète avec la modélisation différentielle par morceaux, exemples (3h)
- Conditions de Snoussi et identifications de paramètres, théorèmes fondamentaux sur les boucles de rétroaction, états caractéristiques, exemples (3h)
- Logique temporelle et model-checking, méthode d’identification des paramètres assistée par ordinateur, exemples (3h30)

- Logique de Hoare « génétiquement modifiée » appliquée aux réseaux de régulation, extraction de contraintes sur les paramètres, exemples (3h30)

Course's manager(s)

Gilles Bernot , Jean-Paul Comet

In class

8h of lectures
8h of directed studies

PREREQUISITES

Before the start of the course, I must ...

Quelques notions de base sur les réseaux de régulation biologiques

OBJECTIVES

By the end of this course, I should be able to...

appliquer des méthodes formelles pour les analyser (logique formelle)
proposer des modèles prédictifs suggérant des stratégies expérimentales pour valider des hypothèses biologiques
concevoir des modèles discrets bien adaptés à la question biologique abordée

CONTENT

- Introduction à la théorie de René Thomas, formalisme avec multiplexes, exemples (3h)

No description
- Compatibilité de la modélisation discrète avec la modélisation différentielle par morceaux

exemples (3h)
- Conditions de Snoussi et identifications de paramètres, théorèmes fondamentaux sur les boucles de rétroaction, états caractéristiques

exemples (3h)
- Logique temporelle et model-checking, méthode d’identification des paramètres assistée par ordinateur,

exemples (3h30)
- Logique de Hoare « génétiquement modifiée » appliquée aux réseaux de régulation, extraction de contraintes sur les paramètres

exemples (3h30)
Evaluation

Modalités du contrôle des connaissances :
- Session 1 : un examen de 2h.
- Session de rattrapage : un examen oral ou écrit.

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Important

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