University Côte d'azur
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UE15 Les technologies "Omiques"

ECUE's code : SMUSVI15

This course give 6.0 ECTS.
EUR LIFE
Biochimie et biologie moléculaire
Campus Valrose
Master 1 , Master 2
Semestre impair
Anglais , Français

PRESENTATION

Génomique, Métagénomique, Transcriptomique, Protéomique, Métabolomique

Course's manager(s)

, Karine Robbe

In class

  • 18h of lectures
  • 16h of directed studies
  • 12h of practical work

PREREQUISITES

Before the start of the course, I must ...
  • maitriser les notions de biochimie et Biologie moléculaire (niveau L3)
  • savoir utiliser les Genome Browser
  • Connaitre les bases de données en biologie
  • Connaitre les ontologies des entités biologiques comme Gene Ontology

OBJECTIVES

By the end of this course, I should be able to...
  • Comprendre des analyses expérimentales omiques présentées dans les articles scientifiques.
  • Expliquer les enjeux de recherche actuels liés aux approches omiques.
  • Interpréter les données obtenues après analyses bioinformatiques des données omiques et les différents modes de représentation des résultats.
  • Proposer une analyse omique pour répondre à une question biologique.

CONTENT

  • Introduction aux omiques : Evolution des technologies, objectifs, figures classiques: heatmap, boxplot, violin plot, volcanoplot manatthan plot, notion de tests multiples, outils moléculaires pour l'interactomique

    Rappel sur les Genome Browser (UCSC/ Ensembl) : analyse des transcrits, Données SNP et OMIM, données ENCODE, séquences répéteés, analyse de conservation, analyse de synténie

    Technologie ADN : short reads and long reads NGS, microarray, DNA Game, bioinformatique pour le traitement des données NGS

    Transcriptomique : régulation génique, épigénétique, analyse différentielle d'expression, visualisation des reads, applications et leur analyse bionformatique (ChiP-seq ATAC-seq, Hi-C...)

    Génomique : assemblage de génome, liaison et déquilibre de liaison, approche candidat, GWAS, eQTL, métagénomique (whole genome and metabarcoding )

    Protéomique: MS, MS/MS, identification avec MASCOT, analyse différentielle, interactomique

    Métabolomique : identification, MWAS

  • Genome Browser, Analyse differentielle, visualisation de reads, Analyse de peptides avec MASCOT

  • Présentation orale en fin de module

  • Les TD sont basés sur des analyses d'articles d'omiques et l'interprétation des figures.

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