Université Côte d'azur
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Modélisation des réseaux biologiques

Code de l'ECUE : SMESV05

Ce cours appartient à BIOLOGIE SYSTEMIQUE 1 (6 ECTS) qui contient 1 ECUE
EUR LIFE
Informatique , Biologie cellulaire , Biologie des populations et écologie
Campus Valrose
Master 1 , Master 2
Semestre impair
Anglais

PRESENTATION

Objectifs : Acquérir les outils mathématiques pour la modélisation et l’analyse dynamique des réseaux biologiques (p.ex. réseaux génétiques, métaboliques, ou voies de signalisation…)

Programme: Les thèmes abordés sont les suivants :
1. Que peut apporter la modélisation mathématique en biologie ?

2. Comment modéliser un ensemble de réactions biochimiques ?
a. Fondements de la cinétique chimique et fonction enzymatique.

b. Etats stationnaires et quasi-stationnaires (Michaelis-Menten) Inhibition compétitive et non compétitive
c. Equilibres multiples et coopérativité
d. Modélisation par compartiments. Transport et diffusion

3. Analyse des modèles dans le cadre des « systèmes dynamiques »
a. Analyse de stabilité
b. Analyse de bifurcation
c. Analyse de sensibilité
d. Ajustement des paramètres d’un modèle

4. Dynamiques de réseaux biologiques
a. Régulation génétique
b. Transduction du signal
c. Réseaux métaboliques
 

 

Responsable(s) du cours

Madalena Chaves

Présentiel

  • 15h de cours magistral
  • 15h de travaux dirigés

PREREQUIS

Avant le début du cours, je dois ...
  • équations différentielles ordinaires, algèbre linéaire, calcul scientifique.

OBJECTIFS

A la fin de ce cours, je devrais être capable de...
  • analyser des réseaux biologiques grâce aux outils mathématiques (p.ex. réseaux génétiques, métaboliques, ou voies de signalisation…)
  • modéliser grâce aux outils mathématiques

CONTENU

  • Aucune description

  • 2. Comment modéliser un ensemble de réactions biochimiques ?

    a. Fondements de la cinétique chimique et fonction enzymatique.
    b. Etats stationnaires et quasi-stationnaires (Michaelis-Menten) Inhibition compétitive et non compétitive
    c. Equilibres multiples et coopérativité
    d. Modélisation par compartiments. Transport et diffusion

  • 3. Analyse des modèles dans le cadre des « systèmes dynamiques »

    a. Analyse de stabilité
    b. Analyse de bifurcation
    c. Analyse de sensibilité
    d. Ajustement des paramètres d’un modèle

  • 4. Dynamiques de réseaux biologiques

    a. Régulation génétique
    b. Transduction du signal
    c. Réseaux métaboliques

  • Modalités du contrôle des connaissances :
    Contrôle intermédiaire écrit (30%) et un contrôle final écrit (70%).

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Important
Ce syllabus n’a aucune valeur contractuelle. Son contenu est susceptible d’évoluer en cours d’année : soyez attentifs aux dernières modifications.