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Français
English
- L'ordinateur
- Environnement Linux
- Parcours des dossiers
- Manipulation de fichiers
- Opérations spéciales dans le terminal
- Programmer en Ligne de commande
- Commandes Avancées
34-1 Programmation Python et environnement Linux
Code de l'ECUE : SMESV341
EUR LIFE
Informatique
Campus Valrose
Licence 3
Semestre impair
Français
PRESENTATION
L'objectif de cette ECUE est de donner aux étudiants des notions solides de programmation pour l'analyse de données biologiques.
La bioinformatique et les biomathématiques sont maintenant des disciplines matures. Nous pouvons profiter d'une infinité d'outils informatiques permettant d'analyser nos données biologiques. Un prérequis pour exécuter ces programmes est d'être familier avec l'environnement Linux et son interpréteur de commande. Un autre prérequis et de maitriser un langage informatique de scripting puissant comme Python. Celui-ci nous permet d'analyser les résultats donnés par ces logiciels mais aussi développer nos propre outils adaptés à nos données. Cette ECUE va s'articuler autour de ces deux thématiques.
Responsable(s) du cours
Présentiel
- 2h de cours magistral
- 30h de travaux dirigés
PREREQUIS
Avant le début du cours, je dois ...
-
Notion de python
OBJECTIFS
A la fin de ce cours, je devrais être capable de...
- Analyser des données biologiques en python
- Manipuler des données en python
- Ecrire un programme en python
- Visualiser des données biologiques en python
- Maitriser l'environnement Linux et l'interpréteur de commande
- Exécuter des commandes et des programmes dans un terminal (shell)
CONTENU
-
Environnement Linux
-
Le langage python
- Le langage python
- Variables et structure de données
- Listes et dictionnaires
- Contrôle de flux : tests et boucles
- Les bonnes pratiques en python
-
Faire de la science avec python
- Les Fonctions
- Les Modules
- Les modules os, math et regexp
- Lecture/Ecriture de fichiers
- Manipuler des tableaux de données (Numpy/Pandas surtout pandas)
-
Bioinformatique et python
- Python face aux autres langages de programmation
- Les compréhensions de listes et dictionnaires
- Quelques types de fichiers en biologie
- Découverte de biopython
- Les bases de données biologique et biopython
- Blast et biopython
-
Visualisation de données en python
- La visualisation dans l’analyse de données
- Le module Matplotlib
- Le module Seaborn
- Les Jupyter widget
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Important
Ce syllabus n’a aucune valeur contractuelle. Son contenu est susceptible d’évoluer en cours d’année : soyez attentifs aux dernières modifications.