ECUE Atelier omique

ECUE's code : SMESVI02

This course belong to UE01 Données biologiques en pratique 1 (6 ECTS) which contains 2 ECUE

Structure

EUR LIFE

Disciplinary domain

Biochimie et biologie moléculaire , Biologie cellulaire

Campus

Campus Valrose

Course's level

Master 1 , Master 2

Semester

Semestre impair

Language

Français

Cette ECUE est à l'intersection entre les cours de omiques, programmation de statistiques. Elle a pour objectifs:

D'apprendre aux étudiants l'usage d'outils et de pipeline bioinformatiques classiques.
De permettre l'échange avec les ingénieurs des plate-forme de bioinformatique et analyse des données de la région niçoise.
De compléter et renforcer par des approches pratiques les connaissances obtenues dans l'UE de "Technologies omiques"

Marc Bailly-Bechet

Before the start of the course, I must ...

By the end of this course, I should be able to...

Employer l'outil GALAXY pour réaliser des analyses omiques reproductibles
Analyser des données omiques
Avoir une expérience pratique des techniques d'analyse les plus courantes: assemblage de génome, analyse de transcriptome, recherche de SNP, analyse épigénétiques... à l'aide de pipelines et de logiciels à paramétrer

Assemblage de transcriptome RNA-Seq et analyse différentielle d'expression de gènes

Outil : Galaxy
Atelier "Polymorphismes et SNP"

No description
Atelier ChIP-seq

No description
Analyse de métagénome

No description
Atelier imagerie avec OMERO

Usage du logiciel et de la banque de données d'imagerie OMERO

Important

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