Ce cours appartient à UE01 Données biologiques en pratique 1
(6 ECTS)
qui contient 2 ECUE
EUR LIFE
Biochimie et biologie moléculaire
,
Biologie cellulaire
Campus Valrose
Master 1
,
Master 2
Semestre impair
Français
PRESENTATION
Cette ECUE est à l'intersection entre les cours de omiques, programmation de statistiques. Elle a pour objectifs:
D'apprendre aux étudiants l'usage d'outils et de pipeline bioinformatiques classiques.
De permettre l'échange avec les ingénieurs des plate-forme de bioinformatique et analyse des données de la région niçoise.
De compléter et renforcer par des approches pratiques les connaissances obtenues dans l'UE de "Technologies omiques"
Responsable(s) du cours
Marc Bailly-Bechet
Présentiel
6h de cours magistral
16h de travaux pratiques
PREREQUIS
Avant le début du cours, je dois ...
Maitriser les technologies omiques
OBJECTIFS
A la fin de ce cours, je devrais être capable de...
Employer l'outil GALAXY pour réaliser des analyses omiques reproductibles
Analyser des données omiques
Avoir une expérience pratique des techniques d'analyse les plus courantes: assemblage de génome, analyse de transcriptome, recherche de SNP, analyse épigénétiques... à l'aide de pipelines et de logiciels à paramétrer
CONTENU
Assemblage de transcriptome RNA-Seq et analyse différentielle d'expression de gènes
Outil : Galaxy
Atelier "Polymorphismes et SNP"
Aucune description
Atelier ChIP-seq
Aucune description
Analyse de métagénome
Aucune description
Atelier imagerie avec OMERO
Usage du logiciel et de la banque de données d'imagerie OMERO