ECUE Atelier omique

ECUE's code : SMESVI02

This course belong to UE01 Donnees biologiques en pratique 1 (6 ECTS) which contains 2 ECUE

Structure

EUR LIFE

Disciplinary domain

Biochimie et biologie moléculaire , Biologie cellulaire

Campus

Campus Valrose

Course's level

Master 1 , Master 2

Semester

Semestre impair

Language

Français

Cette ECUE est à l'intersection entre les cours de omiques, programmation de statistiques. Elle a pour objectifs:

D'apprendre aux étudiants l'usage d'outils et de pipeline bioinformatiques classiques.
De permettre l'échange avec les ingénieurs des plate-forme de bioinformatique et analyse des données de la région niçoise.
De compléter et renforcer par des approches pratiques les connaissances obtenues dans l'UE de "Technologies omiques"

Marc Bailly-Bechet

Before the start of the course, I must ...

By the end of this course, I should be able to...

Avoir une expérience pratique des techniques d'analyse les plus courantes: assemblage de génome, analyse de transcriptome, recherche de SNP, analyse épigénétiques... à l'aide de pipelines et de logiciels à paramétrer
Employer l'outil GALAXY pour réaliser des analyses omiques reproductibles
Analyser des données omiques

Assemblage de transcriptome RNA-Seq et analyse différentielle d'expression de gènes

Outil : Galaxy
Atelier "Polymorphismes et SNP"

No description
Atelier ChIP-seq

No description
Analyse de métagénome

No description
Atelier imagerie avec OMERO

Usage du logiciel et de la banque de données d'imagerie OMERO
Atelier "singularity" et workflow reproductible

No description
Atelier "Expression différentielle de gènes"

No description

Important

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