ECUE Atelier omique

Code de l'ECUE : SMESVI02

Ce cours appartient à UE01 Donnees biologiques en pratique 1 (6 ECTS) qui contient 2 ECUE

Structure

EUR LIFE

Domaine disciplinaire

Biochimie et biologie moléculaire , Biologie cellulaire

Lieu d'enseignement

Campus Valrose

Niveau du cours

Master 1 , Master 2

Semestre

Semestre impair

Langue

Français

Cette ECUE est à l'intersection entre les cours de omiques, programmation de statistiques. Elle a pour objectifs:

D'apprendre aux étudiants l'usage d'outils et de pipeline bioinformatiques classiques.
De permettre l'échange avec les ingénieurs des plate-forme de bioinformatique et analyse des données de la région niçoise.
De compléter et renforcer par des approches pratiques les connaissances obtenues dans l'UE de "Technologies omiques"

Marc Bailly-Bechet

Avant le début du cours, je dois ...

A la fin de ce cours, je devrais être capable de...

Avoir une expérience pratique des techniques d'analyse les plus courantes: assemblage de génome, analyse de transcriptome, recherche de SNP, analyse épigénétiques... à l'aide de pipelines et de logiciels à paramétrer
Employer l'outil GALAXY pour réaliser des analyses omiques reproductibles
Analyser des données omiques

Assemblage de transcriptome RNA-Seq et analyse différentielle d'expression de gènes

Outil : Galaxy
Atelier "Polymorphismes et SNP"

Aucune description
Atelier ChIP-seq

Aucune description
Analyse de métagénome

Aucune description
Atelier imagerie avec OMERO

Usage du logiciel et de la banque de données d'imagerie OMERO
Atelier "singularity" et workflow reproductible

Aucune description
Atelier "Expression différentielle de gènes"

Aucune description

Important

Ce syllabus n’a aucune valeur contractuelle. Son contenu est susceptible d’évoluer en cours d’année : soyez attentifs aux dernières modifications.